2044年的紐約大反派朗格勾結(jié)外星惡勢(shì)力試圖毀滅地球大量外星人通過(guò)神秘傳送門入侵將城市化為灰燼忍者神龜們雖負(fù)隅頑抗仍不敵敵人攻勢(shì)死傷慘重懷抱著忍者最強(qiáng)武器——希望忍者神龜們決定回到過(guò)去時(shí)空找到開(kāi)啟傳送門的鑰匙阻止朗格恢復(fù)世界和平李?yuàn)W納多的弟子凱西肩負(fù)起這一使命他在過(guò)去時(shí)空與女記者艾普利爾·奧尼爾成功接頭并和忍者神龜李?yuàn)W納多、米開(kāi)朗基羅、拉斐爾、多納太羅匯合開(kāi)啟了拯救世界的行動(dòng)“我們的未來(lái)我們自己做主”忍者神龜們向朗格發(fā)起了終極挑戰(zhàn)